- ¿Dónde se encontraba la mayor dificultad para que Hacienda aceptara esta deducción?
- Aspectos sí puede y no puede revisar Hacienda para denegar la deducción
- Efectos prácticos de la sentencia para autónomos y pymes
- El criterio judicial amplía el alcance de las deducciones por proyectos de I+D+i
- Algunas pymes podrían reclamar las deducciones a Hacienda
Una nueva sentencia de la Audiencia Nacional (AN) limita la capacidad de Hacienda para denegar la deducción por I+D+i a las empresas en el Impuesto de Sociedades. Y aclara que la Agencia Tributaria no puede discutir el informe del ministerio que certifica si los gastos asociados pertenecen a una actividad I+D. En una palabra: son deducibles.
El fallo aumenta la seguridad jurídica a una controversia generada por la diferencia de criterios entre Hacienda y el propio Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades: mientras que el segundo se encarga de evaluar si la actividad se cataloga como I+D, la Agencia Tributaria (AEAT) podía cuestionar los gastos ejecutados pese a la calificación técnica favorable concedida por el ministerio.
Como explicó a este medio Rafael Legasa, Director de Incentivos Fiscales a la I+D+i de la consultora Zabala Innovation, “existía una tensión” entre ambas administraciones porque, en ocasiones, la Agencia Tributaria debatía indirectamente esa misma calificación técnica otorgada al proyecto. “Aunque no tiene competencia para debatir la naturaleza de las actividades como I+D o innovación tecnológica, la AEAT estaba acotando el alcance de esas actividades y en consecuencia sus gastos asociados y su deducción”
En ese sentido, la sentencia no limita las facultades de comprobación de la Agencia Tributaria, pero sí el ámbito de actuación de cada administración: la calificación técnica que certifica si se trata de un proyecto o inversión en I+D+i corresponde al ministerio, que la emite mediante el Informe Motivado Vinculante (IMV). Lo que corresponde a la AEAT es la comprobación tributaria, y teniendo en cuenta lo que dice el IMV.
¿Dónde se encontraba la mayor dificultad para que Hacienda aceptara esta deducción?
La principal dificultad no estaba normalmente en la existencia de la deducción –que está plenamente reconocida en la normativa– y tampoco en la calificación técnica del proyecto y actividades en sí. Estaba en la interpretación sobre si los gastos realizados se podían o no considerar dentro de la base de deducción, pese al informe favorable del ministerio.

Como detalló el experto, en la práctica, muchas inspecciones se centraban en discutir que, aunque la actividad/proyecto se consideraba innovación tecnológica, los gastos relacionados declarados no eran deducibles, al no considerarlos dentro de los conceptos considerados como deducibles en este incentivo. “Dicho de otra forma, no cuestionaba que la actividad o el proyecto fuera innovación tecnológica, lo que consideraba es que los gastos asociados pudieran formar parte de la base de deducción, pese al informe del ministerio”.
Precisamente por eso la sentencia de la Audiencia Nacional resulta tan relevante: aclara que, cuando existe un IMV, ese debate técnico-económico ya ha sido resuelto por el órgano competente y no debe volver a plantearse en sede tributaria.
A partir de ahí, el foco de la comprobación de Hacienda debe trasladarse a aspectos económicos y documentales: que los gastos sean reales, estén correctamente justificados, se correspondan con los del proyecto certificado por el ministerio y se haya calculado adecuadamente la deducción.
Aspectos que sí puede y aspectos que no puede revisar Hacienda para denegar la deducción
A partir del criterio recogido por la Audiencia Nacional, la Agencia Tributaria sí podría revisar:
- La correcta cuantificación de la deducción.
- La realidad y justificación de los gastos declarados.
- La trazabilidad documental de los costes imputados.
- La vinculación efectiva de los gastos con el proyecto certificado.
- La aplicación correcta de los porcentajes de deducción.
- El cumplimiento de los requisitos tributarios y formales exigidos por la normativa.
La AEAT no debería revisar ni cuestionar:
- Si la actividad constituye o no I+D.
- Si la actividad constituye o no innovación tecnológica.
- Si los gastos están dentro de la base de deducción.
- El contenido técnico que ya haya sido validado mediante un Informe Motivado Vinculante.
Como valoró Legasa, lo que dice la AN es que Hacienda puede discutir el cuánto, pero no el qué es cuando existe un IMV válido. Es decir, Hacienda puede comprobar si una factura es correcta, si una factura está en dos proyectos repetida, si un coste hora está mal, si una persona tiene más horas de convenio imputada, pero no puede discutir que los gastos forman o no parte de la base de la deducción, cuestión que ahora estaba realizando.
Efectos prácticos de la sentencia para autónomos y pymes
La sentencia vincula directamente a las partes del procedimiento, pero su importancia va más allá del caso concreto porque establece un criterio interpretativo muy relevante sobre el alcance del IMV.
Según explicó el experto, pese a que no tiene el mismo efecto que una doctrina consolidada del Tribunal Supremo, sí constituye una referencia jurídica de gran peso para futuras inspecciones, recursos y procedimientos administrativos. Sus efectos positivos para las pymes son especialmente relevantes:
- Mayor previsibilidad al planificar incentivos fiscales.
- Menor riesgo de que una inspección cuestione años después la naturaleza técnica del proyecto.
- Mayor confianza para invertir en actividades innovadoras.
- Incremento del valor práctico del IMV como herramienta de protección jurídica.
- Reducción potencial de litigios vinculados a la calificación técnica de los proyectos.
- En definitiva, la sentencia contribuye a reducir una de las principales incertidumbres asociadas a la deducción por I+D+i.
El criterio judicial amplía el alcance de las deducciones por proyectos de I+D+i
El caso de la AN afecta a proyectos de software desarrollados por una entidad financiera. Sin embargo, el razonamiento jurídico del tribunal no se basa en las características del sector tecnológico ni del sector bancario. “Lo que analiza el tribunal es la naturaleza y los efectos jurídicos del Informe Motivado Vinculante”, apuntó Legasa.
De esta forma, el mismo criterio podría trasladarse a proyectos de otros sectores como la industria manufacturera, la automoción, la energía. la biotecnología, la agroalimentación, la salud y dispositivos médicos, la química y el uso de materiales avanzados, la economía circular, las tecnologías digitales y la inteligencia artificial.
Lo determinante no es el sector de actividad, sino que exista un IMV que haya validado técnicamente las actividades desarrolladas. “Si el fundamento jurídico es la vinculación de dicho informe, su aplicación puede extenderse a cualquier ámbito donde la normativa permita obtenerlo”, aclaró.
Algunas pymes podrían reclamar las deducciones a Hacienda
Como valoró Legasa, la respuesta a si las pymes pueden reclamar las deducciones que no han podido aplicar en los últimos años “requiere cierta cautela”. La sentencia no genera automáticamente un derecho general a recuperar deducciones de ejercicios anteriores, por lo que cada caso debe analizarse individualmente.
Sin embargo, sí puede abrir oportunidades para reclamar en el caso de determinadas empresas que:
- Cuenten con el IMV.
- Hayan visto limitada o rechazada la deducción por discrepancias sobre la calificación técnica del proyecto.
- Se encuentren dentro de los plazos legales de revisión o rectificación.
En términos generales, el plazo habitual para solicitar la rectificación de una autoliquidación tributaria y reclamar ingresos indebidos es de cuatro años, por lo que algunas empresas podrían estudiar si existen ejercicios no prescritos susceptibles de revisión.
Ahora bien, la viabilidad de cada reclamación dependerá de factores, como informó el experto. Entre ellos, la situación procesal del expediente, la existencia de resoluciones firmes, los plazos de prescripción aplicables y los motivos concretos por los que se denegó la deducción.
Por ello, “más que una reapertura automática de todos los casos, la sentencia ofrece un nuevo argumento jurídico que determinadas empresas podrían invocar para defender sus derechos”.





